Однією з трагічних сторінок Бабиного Яру є розстріли полонених моряків Пінської військової флотилії взимку 1941-1942 рр.
Влітку 1941 р. кораблі флотилії героїчно захищали столицю України Київ, завдаючи нищівних ударів по скупченнях ворога на переправах та різних неочікуваних для ворога місцях, у тому числі Київської акваторії Дніпра.
У середині вересня 1941 р., після виконання завдання, кораблі Пінської флотилії не змогли спуститися вниз за течією в район Києва і були підірвані, а особовий склад боровся з ворогом разом з сухопутними військами. З екіпажів загиблих кораблів були сформовані два загони моряків загальною чисельністю близько тисячі чоловік, які були зосереджені в районі Борисполя, на схід від Києва. На цей час радянські війська, які захищали Київ, були вже оточені. Сухопутні частини і моряки флотилії, зведені в батальйони і роти, пішли на прорив. Це був їх останній бій. Ось як згадує про це офіцер-гідрограф Пінської військової флотилії Г.Ф. Кузьмін, який під час прориву входив до складу офіцерської роти: «...Наступали по великому рівному полю, заставленому складеними в хрестці снопами пшениці, в яких маскувалися німецькі автоматники. Під шквальним мінометним вогнем та інтенсивним обстрілом ряди наступаючих швидко танули, все менше і менше піднімалося бійців для чергового кидка. У другій половині дня наступ захлинувся. Поле було всіяне убитими і пораненими ...».
Моряки, не шкодуючи свого життя, з честю виконали бойове завдання щодо пробиття коридору для відступаючої з Києва 37-ї армії.
Небагатьом пощастило прорватися і вийти до своїх. Це була трагедія і Пінської флотилії, і всіх військ, що обороняли Київ. Тих, кому не пощастило прорватися до своїх, спіткала трагічна доля. Не маючи боєприпасів, поранені та знесилені бійці потрапили в полон.
Точна кількість страчених у Бабиному Яру моряків досі невідома. Водночас є окремі свідчення очевидців, а також є чимало міфів.
Так, після звільнення від гітлерівців Києва на допиті у Слідчому відділі УНКДБ по Київській області 23 листопада 1943 р. мешканка Києва
Горбачова Н.Т. свідчила про те, що взимку 1942 року у Бабиному Яру було страчено 65 полонених червонофлотців.
Спеціаліст з історії України періоду Другої світової війни, доктор історичних наук, професор Михайло Коваль вважає, що: «10 січня 1942 року нацистські кати стратили тут, у Бабиному Яру, близько 100 матросів і командирів Дніпровського загону Пінської військової флотилії. «Був мороз 37°, - розповідали очевидці, - а вони йшли на розстріл босі, в самих трусах, на тілі виднілися синці. Проте трималися матроси мужньо і співали «Раскинулось море широко».
Щорічно у ці зимові дні працівники Національного історико-меморіального заповідника «Бабин Яр» вшановують пам’ять полеглих і страчених моряків, проводять лекції, виставки, відвідують місця пам’яті та поховань.
24 лютого 2020 р. на офіційному сайті НІМЗ «Бабин Яр» відкрилась фотодокументальна виставка "Пінська військова флотилія в обороні Києва .1941 р." В цей день працівники Андрій Ткачук, Ганна Линник, Михайло Гутор, Ірина Мизак, Володимир Корнелюк та Володимир Хрунін відвідали Лук’янівський некрополь - військове та цивільне кладовища і вклонилися могилам героїв.
