Однією з трагічних сторінок Бабиного Яру є розстріл нацистами у січні 1942 року військовополонених – моряків Пінської флотилії.
Пінська військова флотилія героїчно боронила підступи до Української столиці на Дніпрі та на суходолі у липні-вересні 1941 року. Після відступу з Києва радянських військ, увечері 19 вересня 1941 року біля Дарниці був сформований загін моряків у складі двох батальйонів, окремої роти та офіцерської роти. В загін увійшов особовий склад кораблів, штабних і тилових підрозділів флотилії.
Вранці 20 вересня 1941 року особовий склад сформованого напередодні загону Пінської військової флотилії під командуванням капітана 2 рангу Брахмана І.І. прийняв свій останній бій. Моряки перейшли у контратаку, прориваючи бойові порядки німецьких військ в районі села Іванкова Бориспільського району.
Однак, після того як німці підтягнули резерви, під натиском переважаючих сил ворога моряки змушені були відступити до Борисполя. Поле бою було вкрите загиблими у чорних морських одностроях. За спогадами місцевих жителів,ветеранів війни та за архівними даними загинуло понад 200 моряків.
Ті з моряків, кому пощастило вижити продовжили свій бойовий шлях в оточені. Разом з армійськими частинами, а потім невеликими групами, подекуди й поодинці пробивались ворожими тилами до лінії фронту, щоб влитись у склад діючих флотів та флотилій і продовжити боротьбу із загарбниками. Дехто не зміг пробитись через ворожі порядки і продовжив боротьбу у підпіллі чи в партизанських загонах. Але частина поранених та знесилених бійців, не маючи боєприпасів, потрапила у полон.
Точна кількість страчених у Бабиному Яру моряків досі невідома. Існують окремі свідчення очевидців, а також є чимало міфів. Киянка Н.Т. Горбачова свідчила про те, що взимку 1942 року у Бабиному Яру було розстріляно 65 полонених червонофлотців. А доктор історичних наук, професор Михайло Коваль стверджує, що 10 січня 1942 року нацистські кати стратили у Бабиному Яру біля 100 червонофлотців (матросів) і командирів Дніпровського загону Пінської військової флотилії.
У ці зимові дні у Національному історико-меморіальному заповіднику «Бабин Яр» щорічно вшановується пам’ять полеглих в бою і розстріляних у Бабиному Яру моряків. Працівники заповідника проводять лекції, виставки, відвідують пам’ятні місця.
24 лютого 2021 року на офіційному сайті НІМЗ «Бабин Яр» відкрилась фотовиставка «Пінська військова флотилія в обороні Києва. 1941 р.». У цей день Андрій Ткачук, Олена Шепетюк, Михайло Гутор, Володимир Корнелюк та Давид Чубінашвілі вшанували пам’ять героїв-моряків, вклонившись могилам тих, хто спочиває військовому та цивільному цвинтарях Лук’янівського некрополю.
